El convento debía de estar sujeto al deán y al cabildo catedralicio y tendría como máximo 40 religiosas, teniendo preferencia para entrar las familiares del fundador, que podrían hacerlo sin aportar una dote.
En 1602 el cabildo aceptó su papel en la gestión del convento y ese mismo año se cerró la clausura.
Eso es todo lo que se aportó al comienzo para la realización del convento.
Este desistió de la administración, apremiado por los acreedores y por una ejecutoria del tribunal dictada en su contra, por faltarle a las religiosas 50 ducados para alimentos.
En la segunda mitad del siglo XVII, las monjas compran nuevas casas para aumentar el convento.
No debieron recibir mucha ayuda, porque el 29 de septiembre de 1710 la abadesa y sus doce monjas fueron a pedir ayuda a la catedral, precedidas por una cruz alzada llevada por su sacristán.
El arzobispo reclamó para sí la competencia de la causa y ordenó arrestar al sacristán porque, según el historiador J. Muñana, "no era tanta la necesidad como significaban las religiosas".
El 11 de diciembre de 1813 Fernando VII ordenó que se devolviesen sus posesiones a todos los religiosos pero estas monjas agustinas no tenían ya un lugar al que regresar.
[8] El cabildo catedralicio les cedió la iglesia y el coro del Hospital de Santa Marta.
[7][9] Durante las últimas décadas del siglo XIX y principios del siglo XX el cabildo siguió reservándose el derecho de depositar en su iglesia los cadáveres de los canónigos, hasta ser trasladados al cementerio.