Tras la destrucción, se conservó el famoso arco del trascoro que los franceses dejaron por muestra de lo que allí había habido, así como el suntuoso salón interior del convento donde los religiosos habilitaron iglesia para su culto después de haberse concluido aquella guerra.

Esta magnífica iglesia contenía los sepulcros de algunos personajes destacados, ya que allí descansaba el generoso fundador del edificio, el infante Pedro de Aragón, que era hijo del rey Pedro III y hermano del rey Jaime II, habiendo fallecido prematuramente en 1296 en tierras castellanas cuando luchaba a favor de los infantes de la Cerda.

También estaba enterrada en la iglesia del convento la reina Teresa de Entenza, que fue la primera esposa del rey Alfonso IV de Aragón y la madre de Pedro IV el Ceremonioso, descansando además junto a dicha reina sus hijos Isabel y Sancho, fallecidos en la infancia.

Esta reina falleció en 1327 al dar a luz a su hijo Sancho, y fue sepultada a un lado del presbiterio y en un mausoleo de mármol sostenido por seis leones con su efigie en traje de religiosa y con figuras llorando alrededor del sepulcro.

Al final el terreno que ocupaba el complejo conventual sería destinado, por disposición del Gobierno, a la construcción de un palacio para la Diputación Provincial de Zaragoza y el Consejo provincial, con todas las dependencias del Gobierno de la provincia.