Estas propuestas buscaron ser uno de los primeros esfuerzos para solucionar algunas de las deficiencias y atrasos característicos en la educación superior pública en México y en América Latina, en conjunto con lo realizado en Chile desde una perspectiva que apostaba por la disminución de los aparatos públicos y los derechos sociales.
Estas reformas fueron suspendidas hasta la celebración del Congreso Universitario de 1990, el cual fue la salida propuesta por el movimiento estudiantil como solución al conflicto.
[cita requerida] Las contradicciones entre los integrantes del CEU partidarios de una visión de izquierda democrática y sectores del mismo movimiento con una visión más "radical", llevaron a que el CEU como forma de organización dejará de existir oficialmente para la Universidad dentro del marco contextual del conflicto universitario ocurrido en 1999 y 2000, durante el cual se dio una larga y compleja huelga estudiantil dirigida por el llamado "Consejo General de Huelga" (CGH), la cual duró casi un año y que terminó con la entrada de la policía federal al campus universitario.
Tras el plebiscito, a comienzos del 2000s, el gobierno federal toma la decisión de introducir la Policía Federal Preventiva (PFP) para recuperar las instalaciones tomadas por los huelguistas, con lo cual, concluye nueve meses de paro estudiantil.
Al mismo tiempo, los semestres se acortaron y varios estudiantes no concluyeron el bachillerato o licenciatura el tiempo estipulado por la universidad.