Tras la conquista, Murcia fue puesta bajo control de Castilla y perdió su semi-independencia.Posteriormente, su población musulmana se trasladó a los suburbios, mientras Castilla desplazaba nuevos pobladores cristianos para poblar la región.En la primera mitad del siglo XIII, Castilla y Aragón conquistaron múltiples estados musulmanes en el sur de la península ibérica.[7] Muhammad fue depuesto pronto por su primo Abu Bakr ibn Hud, también conocido como Al-Wathiq.[7] Para entonces, el sultán Muhammad I del vecino Emirato de Granada había consolidado su poder y sus territorios para convertirse en otra potencia regional,[2] aunque nominalmente también bajo la soberanía de Castilla.[9] Múltiples asentamientos y castillos, incluyendo la propia Jerez, cayeron ante los rebeldes o las tropas granadinas.A su vez, los musulmanes de Villena, Elda, Petrel y Orihuela se rindieron a él, con la condición de que se les permitiera conservar sus tierras y su fe libremente.Al mismo tiempo, las tropas granadinas, que contaban con 800 efectivos de caballería y 2000 hombres armados, marcharon para socorrer a la ciudad.Jaime I se movió para interceptar a esta columna y los granadinos fueron derrotados en una batalla.[16] Cuando los ciudadanos musulmanes protestaron, Jaime I dijo que había otras diez mezquitas en la ciudad y que no deseaba escuchar la llamada musulmana a la oración en el castillo donde se había establecido.[16] Los musulmanes cedieron; Jaime I transformó la mezquita en una iglesia y la dedicó a la Virgen María.[19] Se construyó un muro entre el suburbio musulmán y el resto de la ciudad, y a los musulmanes se les dio libertad de religión en su suburbio.
Tras la conquista de Murcia, Jaime I se hizo cargo de la mezquita de la ciudad y la consagró como iglesia. Hoy ese lugar lo ocupa la
Catedral de Murcia
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