Desde su fundación, entre diversas actividades, se han llevado a cabo cinco congresos nacionales.
Como propuesta del V Congreso Nacional Indígena se consultó en octubre, noviembre y diciembre del 2016 y aprobó el primero de enero del 2017 “... nombrar un Concejo Indígena de Gobierno (CIG) cuya palabra sea materializada por una mujer indígena, delegada del CNI como candidata independiente que contienda a nombre del Congreso Nacional Indígena y el Ejército Zapatista de Liberación Nacional en el proceso electoral del año 2018 para la presidencia de este país.”[2] La propuesta hace un llamado a la sociedad y organizaciones, que se identifican en la lucha contra el despojo, la represión, la discriminación y la explotación, a organizarse y construir un mundo nuevo.
En la clausura de este foro se decide crear el Congreso Nacional Indígena (CNI).
El EZLN recibe una invitación de los organizadores del evento y, a pesar del clima conflictivo generado por el Estado mexicano desde 1994, la Comandata Ramona acude como representante siendo la primera zapatista en romper las fronteras de Chiapas llegando a la capital de la república.
Desde el Zócalo capitalino anunció las palabras zapatistas “Soy el primero de muchos pasos de los zapatistas al Distrito Federal y a todos los lugares de México.” En esta misma declaración la Comandanta Ramona pronuncia por primera vez la frase que hasta hoy es usada como símbolo del CNI: “¡Nunca más un México sin nosotros!”[4] En la declaración final del congreso se expresaron los principales acuerdos en un documento resolutivo que contenía exigencias y propuestas.
Como propuestas se plantearon resumidamente “Avanzar hacia una nueva Constitución que con la efectiva participación de todos y todas recoja un proyecto incluyente y plural... [e] ...intensificar la lucha por la satisfacción de nuestras demandas pendientes”.
En la declaración final, proclamada el 12 de octubre, denunciaron la exclusión y sometimiento que han sufrido, como pueblos originarios, por siglos y que se ha intensificado con el neoliberalismo globalizado.
En la declaración final del congreso se denunció la militarización en los territorio, la persecución a las diferentes organizaciones comunitarias y la privatización de los recursos naturales.
Se pronunciaron por el reconocimiento constitucional de su existencia plena como pueblos, su libre determinación, sus territorios y sus sistemas normativos.
Mientras los candidatos en campaña prometían, el EZLN a través del Delegado Zero escuchaba y no predicaba.
Por fin se hace un llamado a “todos los pueblos, comunidades y organizaciones indígenas y a todos los sectores oprimidos a conformar un frente amplio anticapitalista que impulse un proceso que conduzca hacia una Nueva Constitución y otra forma de gobierno que permita el reconocimiento de nuestros derechos y una sociedad justa, libre y democrática.”[8] Que retiemble en sus centros la Tierra Declaración completa en V Congreso Nacional Indígena Desde el IV CNI pasaron 10 años sin un encuentro a nivel nacional hasta 2016 cuando, en el contexto de la celebración del 20 aniversario del CNI, se convocó el V Congreso Nacional Indígena del 9 al 14 de octubre en las instalaciones del Centro Indígena de Capacitación Integral (CIDECI- UNITIERRA) en la ciudad de San Cristóbal de las Casas, Chiapas.
En el resolutivo ¡Y Retembló!, Informe desde el Epicentro… comunicado el 1 de enero del 2017 en Oventik, se anunció que por acuerdo se aprobó nombrar el Concejo Indígena de Gobierno que se proponga gobernar al país, con una mujer indígena del CNI como vocera y candidata independiente a la presidencia de México en las elecciones del año 2018.
[13] El objetivo de la iniciativa no era tanto competir por el asiento presidencial como aprovechar la cobertura que los grandes medios dedican a las elecciones, para así dirigir su atención a las demandas de los pueblos indígenas.