Comisión Científica del Pacífico

Como premio a estos trabajos se le concedió en 1867 la Gran Cruz de Isabel la Católica.

[6]​Su brillante trabajo fue interrumpido por la muerte a causa de una infección hepática contraída en Suramérica.

Como primer Ayudante Naturalista estuvo a cargo especialmente de los estudios sobre mamíferos, reptiles acuáticos, peces, crustáceos, anélidos, moluscos y zoófitos, recogiendo varios miles de ejemplares que envió a los museos españoles.

[1]​ Castro murió poco después de regresar a España, suicidándose de un disparo en el corazón, y aunque se sabe que realizó bocetos e ilustró ejemplares biológicos para la expedición, una parte importante no ha sido localizada.

La goleta protegida Virgen de la Covadonga se reunió posteriormente con las dos fragatas para tomar parte en la expedición.

El capitán Enrique Croquer y Pavía mandaba la Triunfo, nave en la que iban los científicos, repartidos en cuatro camarotes de cubierta.

Tras visitar las islas Canarias y las islas de Cabo Verde, realizaron el cruce del Atlántico; durante el viaje se produjeron dificultades entre los científicos y los oficiales de la Triunfo, que se iniciaron en las Canarias, culminaron en una disputa abierta en Cabo Verde y continuaron hasta que ambos grupos se separaron definitivamente en Chile.

[2]​Decidieron pasar un mes aproximadamente en Chile y desplazarse luego al norte hacia Perú.

Antes de abandonar Valparaíso, los científicos se separaron, dirigiéndose Isern y Almagro hacia el norte en la Covadonga, dado que el poco calado de este buque le permitía entrar en algunas calas y puertos más pequeños.

La Covadonga salió desde Valparaíso hacia Coquimbo, Huasco, Caldera, Cobija, Iquique, Arica, Islay, islas Chincha y Callao.

La continua disputa entre el capitán Croquer de la Triunfo y el presidente Paz alcanzó su punto culminante, ya que Croquer estimó que los científicos habían abandonado su buque definitivamente y ordenó vaciar sus camarotes.

El nuevo director fue el secretario Martínez, ya que el vicepresidente Amor se encontraba gravemente enfermo.

[2]​ La Triunfo se dirigió al golfo de Guayaquil, tras detenerse brevemente en el puerto Paita.

El antiguo presidente Paz iba de camino a España y Almagro e Isern continuaban su expedición por el Perú.

La Resolución salió antes, porque debía hacer escala en Panamá y Perú antes de regresar a Chile.

El antropólogo abandonó el buque en Guayaquil para visitar Quito, así como la ciudad peruana de Trujillo, las ruinas de Chan Chan y viajó hasta El Callao, reencontrando allí a la nave Resolución.

Almagro e Isern decidieron volver en la Resolución, pero su espera resultó ser de tres meses, pues algunos vecinos españoles pidieron al almirante Pinzón que protegiese sus propiedades, amenazadas por la tensa situación política entre el Perú y España.

Ambos científicos aprovecharon este periodo para seguir recogiendo información y ejemplares de americanos.

Por el contrario, otro envío con treinta cajas de plantas chilenas secas llegó en buen estado a la capital española.

Martínez viajó en primer lugar hasta Quito y los demás le siguieron a mediados de noviembre de 1864, por un camino más largo, pasando por Babahoyo, Guaranda e intentaron escalar dos volcanes, el Chimborazo y el Cotopaxi, sin poder lograrlo.

Allí permanecieron un mes reponiendo fuerzas y recolectando ejemplares, especialmente aves como los colibríes.

[2]​ Reunidos en Coca a principios de julio, los cuatro naturalistas ultimaron sus preparativos para el viaje hasta la confluencia del Napo y el Amazonas.

[2]​ El vicecónsul español en Belém, Antonio Piñeiro, comprendiendo la crítica situación de los expedicionarios, les adelantó dinero para comprar ropa nueva, envió sus numerosos cajones a España y les proporcionó los billetes del vapor a Pernambuco, donde llegaron el 25 de octubre.

El embajador Juan Blanco del Valle, enterado de su llegada, se reunió con ellos y les concedió los fondos solicitados, con los que pudieron pagar sus deudas al vicecónsul Piñeiro y pagar algunos sueldos pendientes de sus ayudantes.

[4]​[2]​ Asimismo, se enviaron 37 momias, 74 artefactos de tumbas, 41 cráneos, 11 hamacas, 250 adornos indios, 80 armas, 3 tambores y 2 canoas.

El Museo Nacional de Ciencias Naturales (MNCN) dedica un espacio permanente a esta expedición científica.

En la exposición se presentan algunos de los instrumentos utilizados para colectar los ejemplares junto a láminas, documentos y una selección de los animales que enviaron, tanto naturalizados como conservados en alcohol, así como publicaciones históricas y recientes.

En cuanto a las fotografías, hay una representación de las obtenidas en los principales países que recorrieron y también copias digitales obtenidas a partir de los negativos realizados según la técnica del colodión húmedo que se realizaron en 2005.