Fue fundado en 1856 por jesuitas venidos desde Buenos Aires acudiendo al llamado del arzobispo capitalino Rafael Valentín Valdivieso.

[3]​ Para dicha ocasión, fue renombrado el callejón de Ugarte, ubicado a un costado, como calle San Ignacio en homenaje al santo católico.

Desde sus inicios, se caracterizó por educar a la élite chilena tradicional, junto con el Colegio de los Sagrados Corazones y el Liceo Alemán.

Esta última idea fue dejada de lado pues, ante las complicadas leyes educacionales del país, era preferible mantener el mismo nombre con los mismos beneficios del antiguo colegio, tomando el nombre de Colegio San Ignacio El Bosque.

El equipo direccional del Colegio San Ignacio en la actualidad está integrado por: