Santa Cruz de Castañeda surgió hacia el siglo X como un monasterio benedictino cluniacense.

Más tarde, ya en época barroca, se sustituyó el ábside del lado sur por una capilla que perteneció a don Juan de Frómista y una sacristía.

La planta aún sufrió otras transformaciones con el aditamento a principios del siglo XIII de una nave secundaria al norte de la que ya existía, y otra nave transversal levantada en el siglo XVII.

Sólo el cimacio que corre sobre los capiteles y el guardapolvo del arco muestran relieves decorativos de palmetas.

Existe una segunda portada practicada en el frente occidental de la nave izquierda cobijada por un soportal del siglo XVII.