Se consideraba por aquella época una de las más bellas mezquitas del mundo islámico.
En 1501 recibió el título de 'Nuestro Salvador' por el cardenal Cisneros, que consagró al culto cristiano y la convirtió en parroquia (posteriormente se elevó a colegiata).
Su fundación como colegiata en el año 1527 tuvo por objeto el adoctrinamiento de la población morisca, cuya rebelión provocó el empobrecimiento de la institución y la reducción del proyecto arquitectónico original.
Las obras del nuevo templo fueron trazadas por el arquitecto Juan de Maeda en el año 1565.
Esta iglesia del Salvador se convirtió en Colegiata, y fue dotada con valiosos bienes.