En 1951, el Arzobispado les requirió para que le dieran un nombre, denominándose del Discípulo Amado, por ser San Juan cronista de la historia de Cristo.
La Cofradía nunca fue aprobada canónicamente y, en 1957, dejó de procesionar en la General.
Un año después, cambió su sede al Convento de los Agustinos Filipinos.
Como solución, el Arzobispado aconsejó que acompañaran al paso de la tercera palabra (Madre, ahí tienes a tu hijo) de la Cofradía de las Siete Palabras, pero las negociaciones entre ambas cofradías no cristalizaron.
En 2015, con la talla de San Juan Evangelista, se incorporaron a dicha procesión.