Cuando César cruzó el río Rubicón en el año 49 a. C. comenzando así la guerra civil, Cneo siguió a su padre en su huida al este, al igual que hizo la mayoría de los senadores conservadores.
Tras su asesinato, Cneo y su hermano Sexto se unieron a la resistencia contra César, en la provincia de África.
Cneo escapó de nuevo, esta vez a las islas Baleares, donde se reunió con Sexto.
En la batalla y en la huida que siguió, Tito Labieno murió junto con unos 30.000 hombres del lado republicano.
Sexto Pompeyo logró mantenerse alejado de sus enemigos, y sobrevivió a su hermano mayor durante algunos años más.