El equipo nació en 1933, como Marino Fútbol Club, lo que le convierte en el más antiguo del sur de la isla.Con el ascenso el Marino empezaba su mejor época, en la cual lograría permanecer cinco años consecutivos en la división de bronce.El CD Marino terminaría su primera campaña en Segunda B en el décimo puesto, posición final que repetiría la siguiente temporada.Pegaso por cuatro a cero, convirtiéndose en las mayores goleadas como local del conjunto marinista en la categoría.El equipo sureño acabaría su tercera temporada en la división en la duodécima posición, peor resultado del conjunto hasta esa fecha.Así las cosas, después de cinco campañas en esta categoría, descendió directamente a Preferente por problemas económicos tras la temporada 1992-93.[6] Una campaña más tarde descendería a la Primera Interinsular, pozo del que conseguiría salir cuatro años después.Tras cuatro años en Primera Interinsular el Marino volvía a Preferente de Tenerife, máximo nivel regional.[7][8] Así tras nueve años en Preferente y diecinueve fuera de ella el club azul regresaba a la Tercera División.[9][10] Pero lo volvería a intentar tan solo dos años más tarde en la temporada 2011-12 donde consiguió un histórico doblete al alcanzar, por segunda vez en su historia, la Copa Heliodoro Rodríguez López y el campeonato de liga del grupo canario de Tercera División.[11][12][13] La temporada 2012-13 empezaba para el conjunto sureño con el gran derbi insular ante el Club Deportivo Tenerife, al que ya había derrotado semanas antes en la final del Trofeo Teide.Sin embargo en esta ocasión no lograría superarlo al perder por cero goles a dos en la que fue la primera vez en su historia que el Club Deportivo Tenerife, máximo representante provincial, se enfrentaba en un partido oficial de liga contra un club de su mima isla.El escudo actual, adoptado en 2009, tiene forma de círculo cuyo interior es blanco y su borde dorado.
El once inicial del Marino posa antes del encuentro que le enfrentó al
Club Deportivo Corralejo
en la tercera jornada de la temporada 2011-12. El partido finalizó con empate a dos goles.