Al año siguiente, volviendo a jugar con el Fuerteventura, finalizó la temporada en duodécima posición.
Al año siguiente fichó por la Universidad Las Palmas, equipo que descendió a Tercera División por impago a sus jugadores y cuerpo técnico, el 1 de julio de 2011,[1] lo que provocó su desaparición 6 días después.
Al quedarse sin club, y tras dos meses, José Juan fue fichado para un año por el U. D.
[2] Al finalizar la temporada el equipo descendió en el último tras perder 4-0 ante el Real Madrid Castilla.
Tras el descenso, acabó contrato y fichó por el C. D. Marino, club que entrenó durante un año.