[2] Fue elegido papa en la ciudad de Pisa, donde había fallecido su predecesor mientras preparaba la reconquista de Jerusalén.
Aprovechando la buena acogida de sus paisanos romanos, comenzó a trabajar inmediatamente para lograr su retorno a Roma, ciudad de la que el papado fue exiliado en 1153 al constituirse Roma en municipio libre bajo el mandato de Arnaldo de Brescia, llegándose a un acuerdo que permitía a Clemente III volver a Roma en 1188[3] y elegir al gobernador de la ciudad, a cambio del reconocimiento del Senado Romano y de la elección por el pueblo de sus magistrados.
Tras este éxito, Clemente III dirigió su atención a la reconquista de Jerusalén mediante la organización de la Tercera Cruzada.
[4] Para ello se reconcilió con el emperador Federico I Barbarroja, logrando que se pusiera al frente de un poderoso ejército en el que también participarán los reyes Ricardo I de Inglaterra y Felipe II de Francia.
Sin embargo, el conflicto con el emperador germano no tardará en reavivarse cuando, a la muerte de Guillermo II de Sicilia, vasallo del papa, en 1189, Enrique VI, que había sucedido a su padre Federico I Barbarroja muerto en Tierra Santa, reclamó el reino siciliano haciendo valer los derechos de su esposa Constanza.