Los 16 Cupos fueron repartidos de la siguiente manera: Los 21 equipos se dividieron en 5 rutas desde la semifinal hasta final, y en 2 de las 5 rutas también hubo una fase preliminar, el ganador de cada ruta clasifica a Tokio 1964.
Los 7 equipos jugaron en una Liga dónde los 2 equipos con más puntos clasificaban, sin embargo, ocurrió la Tragedia del Estadio Nacional del Perú que ocasionó que el torneo se detuviera lo que también ocasionó un empate entre Perú y Brasil en puntos por lo que recurrieron a un partido desempate, por primera vez se usó el Torneo Preolímpico Sudamericano para la clasificación.
[1] las selecciones de Antillas Neerlandesas y la Guayana Neerlandesa Jugarían un partido de ida y vuelta dónde el que ganaba pasaba a la cuadrangular final.
El ganador de la ronda anterior junto a las selecciones de México, Estados Unidos y Panamá jugaban una Liga y el ganador clasificaban a Tokio 1964.
[2] los 12 equipos se dividieron en 3 rutas de 4 equipos desde la semifinal hasta la final, el ganador de cada ruta clasificaba a Tokio 1964.