La antigua ciudad abandonada fue repoblada durante la Edad Media, recibiendo el nombre de Civita Castellana por constituir una fortaleza-castillo.

La ciudad se convirtió en una comuna independiente en los siglos posteriores, a menudo disputada con el Papado y el Sacro Imperio Romano Germánico.

Sixto IV asignó la ciudad al cardenal Rodrigo Borgia, el futuro papa Alejandro VI, quien empezó la construcción de la fortaleza conocida como la Rocca (Roca) y que fue completada en tiempos de Julio II.

Posee un magnífico pórtico construido en 1210 por Laurentius Romanus, su hijo Jacobus y su nieto Cosmas.

El altar mayor está hecho a partir de un sarcófago paleocristiano del siglo III o IV.