[1][2] Trujillo trabaja con software informático para calcular las órbitas de numerosos objetos transneptunianos (conocidos por su abreviatura inglesa TNO), que es el área del sistema solar en que se ha especializado.
A finales de agosto de 2005, se anunció que Trujillo, junto con Michael E. Brown y David L. Rabinowitz, habían descubierto Eris en 2003.
[2] Tras el descubrimiento de su satélite Disnomia, Eris pasó a ser el primer TNO más masivo que Plutón.
Trujillo fue más tarde un becario posdoctoral en el Instituto de Tecnología de California (Caltech, por sus siglas en inglés) y es astrónomo en el Observatorio Gemini en Hawái.
[4] Sus intereses principales se centran en el cinturón de Kuiper y en las regiones exteriores del sistema solar.