Una alternativa a la dicotomía tradicional protostomado- deuterostomado , ha encontrado apoyo débil en varios estudios.
No obstante, estudios recientes correlacionan el apoyo a Deuterostomia con modelos homogéneos de sitio más simples, mientras que los modelos heterogéneos de sitio más sofisticados recuperan Centroneuralia con más frecuencia.
[1][2][3] Bajo este nuevo enfoque es posible que las hendiduras faríngeas probablemente estaban presentes en el ancestro común de Bilateria y también la condición deuterostomada en el desarrollo embrionario sería un carácter ancestral conservado en los quetognatos que tradicionalmente fueron considerados como deuteróstomos,[2] los proarticulados serían el grupo troncal y hermano de todos los bilateralios existentes al ya no estar Xenacoelomorpha en la base[3] convirtiendo a Nephrozoa en el grupo corona de todos los bilaterales, los bánffidos pueden estar estrechamente relacionados con los protostomados del grupo corona, mientras que Saccorhytus está más relacionado con los protostomados del superfilo Ecdysozoa.
[4][5] En este cladograma se muestra a Deuterostomia como un grupo parafilético que excluye a los ecdisozoos, sindermatos, y platytrochozoos.
Saccorhytus Ecdysozoa Gnathostomulida Chaetognatha Micrognathozoa Syndermata Platytrochozoa