Es una organización no gubernamental, constituida bajo la forma de una asociación civil.
Está dirigido por una Comisión Directiva de 15 miembros, cuyas funciones se dividen en Presidente, Vicepresidente, Secretario General y 13 vocales.
Sus autoridades son electas mediante el voto secreto y optativo de los estudiantes una vez por año, y la distribución de cargos entre las listas participantes se realiza mediante el sistema proporcional D'Hont.
[cita requerida] Entre 1983 y 1986 la Franja Morada ganó las elecciones, en tanto que en 1987 se impuso la agrupación UPAU - Unión Para la Apertura Universitaria, muchos de cuyos integrantes pertenecían a la Unión del Centro Democrático (UCEDE) En 1990 Franja Morada volvió a ganar las elecciones del Centro de Estudiantes.
Durante los años 1993 y 1994 el Centro de Estudiantes protagonizó un fuerte enfrentamiento con el Gobierno del entonces presidente Carlos Menem.
Franja Morada mantuvo su hegemonía hasta el año 2002, cuando la "Agrupación Reformista Nuevo Derecho", agrupación ligada al Movimiento Nacional Reformista (MNR) y al dirigente Roy Cortina, del Partido Socialista, los desplazó de la conducción del organismo estudiantil conduciéndolo en forma ininterrumpida hasta septiembre de 2015 (convirtiéndose en la agrupación estudiantil que ganó más años seguidos en esta facultad).