El término "Cebolla" deriva del árabe "yevayla", que significa montecillo o cerro, sitio donde se asentó su iglesia y el caserío.

El término árabe se deformó en Yubaila y de ahí a Zeboila, apareciendo en los textos posteriores al siglo XIV como Zebolla.

Según otras opiniones, el nombre podría proceder del latín caepulla que designa a la cebolla.

Otra teoría es que viene del término árabe Gebel La (Dios me ha hecho), dado que en época árabe se trasladó el pueblo de las orillas del Tajo a los alrededores de una pequeña mezquita situada en el cerro donde hoy está la iglesia.

Esto fue provocado debido a que debajo del centro de la localidad discurre el arroyo Sangüesa, canalizado debajo del suelo, y debido a las lluvias de varios días que arrastraron ramas, troncos y barro.