Las dos torres frontales en un principio llevaban también cúpulas, pero por distintos fallos arquitectónicos no fueron construidas.Es así que el recién creado capítulo catedralicio se instala en este templo.Remigio Estévez de Toral fue designado como el Obispo de Cuenca en 1860, y durante su periodo como Obispo existieron varios problemas en torno al uso del mismo templo como Iglesia parroquial y como Catedral.Sin embargo, este templo había sufrido muchos daños por diferentes sismos y el nulo mantenimiento.Debido a la realidad económica, Pólit presentó la idea de construir la catedral con un modelo menos ambicioso; este plan fue presentado ante los párrocos y miembros del Capítulo Catedralicio, quienes prefirieron continuar con el modelo original.En 1941 empezó la construcción del atrio de la catedral con el albañil Pascual Lojano, quien murió el mismo año y la construcción del atrio pasó a las manos de Luis Antonio Chicaiza en 1942.Las construcciones seguirían y en 1964, muere Luis Antonio Chicaiza, quien había servido 22 años a la realización de la obra, luego sería reemplazado por Vicente Bravo.Estas últimas están dispuestas equidistantemente entre sí, y simétricamente con respecto al centro.Además, la poca luz que se filtra por los vitrales propicia un ambiente favorable a la meditación y la reflexión.[2] Existen dos, las cuales están ubicadas simétricamente a los lados de la Nave Central.Sus bóvedas tienen un estilo de cañón, las cuales se asientan sobre columnas unidos por arcos románicos que complementan la estructura del edificio.Se encuentran en las hornacinas (formadas por las columnas y las paredes que las dividen), espacios diseñados con esta finalidad.Además aquí se atiende al público que, diariamente, solicita algunos servicios de la Catedral.[2] En la parte baja, existen tres tiendas, en las cuales se realizan actividades comerciales, independientes de las eclesiásticas.En el departamento Sur, residen las hermanas que se dedican a actividades misioneras.Contiene nichos interiores, en los cuales están tres esculturas de gran belleza y sencillez.[2] Este es el principal elemento que se destaca del interior de toda la Catedral.Su construcción se encargó a los salesianos, y fue el padre Carlos Crespi quien trajo al hermano Pedro Gazzoli para que lo ejecutase.[2] Sobre unas bases de mármol se levantan cuatro grandes columnas salomónicas, decoradas en tres niveles: Todo esto termina con capiteles corintios.Antonio Vega (la primera persona en ser sepultada allí), Fray Vicente Solano; al igual que obispos de la ciudad: Miguel León, Manuel María Política, Daniel Hermida, Monseñor Manuel Serrano Abad; y el constructor de la catedral: Luis Antonio Chicaiza.[2] La Catedral de Cuenca cuenta con seis cúpulas que se encuentran sobre el presbiterio y la Nave Central.Sin embargo, estas están inconclusas, pues faltan dos tramos y sus respectivas puntas.Además, las Torres fueron diseñadas para albergar las campanas, relojes y conectores verticales.[2] Son tres espacios destinados a albergar a un número de personas para cantar en las diferentes celebraciones del culto: el Coro Este, el Coro Norte y el Coro Sur: Existen, en total, cuatro accesos públicos a la Catedral: tres en la fachada principal, y uno en la elevación Sur: Los vitrales complementan el diseño del interior del edificio, y tienen tres procedencias, lo que diferencia sus estilos y ejecuciones: A continuación, se explican los distintos vitrales que existen: La construcción de la Catedral, se la realizó con base en los planos originales, los cuales fueron diseñados y dibujados por el Hermano Juan, con pequeños cambios que se dieron en el proceso de edificación.[2] La Catedral usó sistemas artesanales propios de la época y del lugar.Todavía se pueden evidenciar agujeros en las paredes exteriores debido a dichos andamios.[2] A continuación, se explican algunas soluciones constructivas que se aplicaron: Todo el conjunto de arcos está asentado sobre columnas de sección cruciforme, es decir, con cuerpos salientes para recibir los arcos.En las columnas, para recibir a estos arcos, también se han generado resaltos en los vértices.[2] Por registros fotográficos, se sabe que estos resaltos sirvieron para montar cimbras de madera mientras duró la construcción.Aquí se ubican pozos de revisión para su control y mantenimiento.
