Fueron, sin embargo, encontrados algunos vestigios que apuntan hacia un edificio simple.Esta segunda catedral, de modestas proporciones y construida en el siglo XIII, fue derribada en la segunda mitad del siglo XIV cuando las murallas de la ciudad de Guarda fueron reforzadas por el rey Fernando I durante las guerras con Castilla.Las obras se iniciaron lentamente y sólo en el reinado de Juan III de Portugal serían concluidas ya en pleno siglo XVI.En esta primera etapa las obras estuvieron influenciadas por el Monasterio de Batalha, que se estaba construyendo en la misma época.La construcción de la Catedral avanzó lentamente durante la segunda mitad del siglo.
