Originalmente, la Catedral Nueva fue la iglesia del Colegio de los Jesuitas (Colegio de las Once Mil Vírgenes), que se había instalado en Coímbra en 1541.En la parte superior de la fachada, finalizada en el siglo XVIII, la decoración es barroca, que contrasta con las partes más bajas, de estilo manierista.El transepto y el presbiterio están decorados con enormes retablos de talla dorada, construidos a finales del siglo XVII y principio del siglo XVIII.Las capillas laterales contienen retablos manieristas y barrocos.La sillería del coro, del siglo XVII, fue traída de la Catedral Vieja así como la magnífica pila bautismal de una de la capillas lateral, esculpida en estilo gótico manuelino por Pedro y Felipe Henriques en el siglo XVI.
