Muñatones es la única torre vizcaína que carece de acceso en la planta baja.

En 1439 Lope García de Salazar heredó la torre y comenzó con las modificaciones, pero las obras se retrasarían hasta 1454.

La torre "del homenaje" mantuvo su planta rectangular, aunque al trasladarse la fachada principal a una de las que, en origen, fueran laterales, el volumen resultante fue ligeramente más profundo que ancho, hecho habitual en las torres urbanas pero bastante insólito en las rurales.

Con estas obras, los muros, aparejados en sillarejo calizo, alcanzaron un grosor de 2.80 metros.

Si el bajo de la torre primitiva era hermético, aun quedó más ciego: se tapiaron tres aspilleras existentes, abriendo en su lugar un único hueco adintelado.

El acceso primitivo fue cegado y sustituido por otro en la que hasta entonces había sido la cara derecha.

En torno a la torre y los palacios se levantó una voluminosa cerca aparejada en mampuesto irregular, de 7,5 metros en su estado actual (10 m en origen).

La cerca solo cuenta con un vano, un acceso apuntado con cañón escarzano muy lateralizado a la izquierda de la fachada principal.

Además, está dotado de murallas exteriores: sin contar con las del siglo XIV, en el XV se levantaron una monumental y otra en principio más simple, pero que se fue complicando con torres esquineras y cubos en las puertas.

Desde 1968, el conjunto monumental se encuentra rodeado por las instalaciones de la mayor planta petroquímica de España: Petronor, empresa cuyo emblema comercial toma como elemento gráfico principal una letra "P" dentada por las almenas del castillo.