No obstante, en el verano de 1196, fue tomada al asalto por las tropas almohades, permaneciendo en su poder hasta 1212.Un estudio arqueológico de la fortaleza ha permitido identificar dichas obras, con un característico falso despiece de sillería hecho sobre tapial que contrasta con otras partes del edificio, donde se observa obra cristiana.[1] El Castillo de Miraflores tiene planta poligonal y es de reducidas dimensiones (1250 m²), sin más baluartes que una esbelta torre prismática que se localiza en el ángulo noroeste del edificio.En el interior de la fortaleza hay muy pocas estructuras visibles.Destaca un gran aljibe central con bóveda gótica de ladrillo, una pequeña habitación de forma trapezoidal en la parte norte del recinto, dos dependencias gemelas de planta rectangular, una gran nave rectangular con dos niveles en altura pegada al frente oeste, y a continuación, en el ángulo norte, una torre.A nivel del suelo actual, en el frente oeste de la torre, se observan tres desagües con revoco que debían servir para conducir el agua de lluvia hacia un aljibe interno.Los vanos son escasos y se sitúan en el tercio superior de la torre: una saetera en el frente sur y varios tragaluces enmarcados de ladrillo en lo más alto del edificio.
