Carta de los judíos de Constantinopla

El conflicto se planteó abiertamente cuando Silíceo se opuso frontalmente al nombramiento de un converso -cuyo padre había sido condenado por la Inquisición española- para una canonjía vacante de la catedral.Aquel pidió la opinión al Consejo de Castilla, que recomendó la suspensión del estatuto por considerarlo "ynjusto y escandaloso" y porque "de la execución dél se podrían seguir muchos ynconvenientes", opinión que fue compartida por una junta del clero convocada a tal efecto, y por la Universidad de Alcalá que lo condenó como fuente de "discordia sembrada por el diablo".Así que en septiembre de 1547 el estatuto fue suspendido, pero en 1555 el papa lo aprobó y a continuación Felipe, ya rey, lo ratificó.[2]​ Para apoyar la introducción del estatuto, Silíceo recopiló todos los documentos y escritos antijudíos que pudo encontrar.[4]​ La Carta, que al principio circuló manuscrita, fue recogida por las obras antisemitas de la época, aunque algunas pusieran en cuestión su veracidad.