Algunos autores han supuesto que por razones teológicas, la Carta Atenagórica le podría haber acarreado a Sor Juana serios problemas con la Inquisición, pero no hay evidencia histórica de esto.
[3] La Carta Atenagórica marcó el inicio del fin de la producción literaria sorjuanina.
Sin embargo, sor Juana emplea varias veces razonamientos irónicos y trata con cortesía a todos los implicados.
Aunque así fuera, no es improbable que Aguiar se haya sentido atacado por la publicación.
[7] Santa Cruz hace circular la carta entre la comunidad teológica del virreinato, a fin de restarle influencia al arzobispo.
[9] Una de las preguntas que se hace Paz es a quién va dirigida la crítica en la Carta atenagórica.
La hipótesis de Octavio Paz es que al cuestionar a Vieira en un sermón realizado 40 años antes, Sor Juana se involucra en una presunta disputa por el poder entre ambos clérigos, desafiando a Aguiar y Seijas —conocido por misógino, por censurar el teatro, la poesía y la comedia—.
En cuanto Dios, ya había hecho con el hombre finezas dignas de su Omnipotencia, como fue el criarle, conservarle, etc.; pero en cuanto hombre, no tiene más que poder dar, que la vida.
Bonus pastor animam suam dat pro ovibus suis, donde Cristo habla de sí mismo y califica su fineza con su muerte.