[3] Antes de suceder a su padre en sus señoríos, a su muerte en 1482, Carlos de Luna y Arellano estuvo al servicio del conde de Medinaceli, al que ayudó en sus enfrentamientos contra el concejo de Ágreda, que pretendía como señorío por una disposición de Enrique IV.
En esos años, llegó a estar al mando de la fortaleza de Beratón.
Sin embargo, no hay evidencia de que llegase a desempeñar ningún cargo político en la ciudad.
Esto fue probablemente debido a la desconfianza que provocaba en la ciudad.
Tanto Soria como Ágreda denegaron a Carlos de Luna y Arellano adquirir propiedades, probablemente por temor a su influencia o a que desgajase las tierras adquiridas y las agregase a sus propios señoríos.