Para continuar su educación, Pesquera ingresó en la Universidad de Cornell donde obtuvo una maestría y un doctorado en ingeniería estructural.

Luego de que el gobernador incumbente Pedro Rosselló anunciara que no se postularía para un tercero término en las elecciones de 2000, el PNP eligió a Pesquera como presidente del partido y candidato a la gobernación para dichas elecciones.

A pesar de comenzar la campaña electoral con una amplia ventaja en las encuestas frente a sus contrincantes del Partido Popular Democrático y Partido Independentista Puertorriqueño, la Alcaldesa de San Juan Sila María Calderón y el Senador Rubén Berrios respectivamente, mientras se acercaban las elecciones, Calderón fue cortando la ventaja con Pesquera.

Esto se atribuye mayormente a una campaña de los populares enfocada en la corrupción gubernamental durante la Administración Rosselló.

Tras llegar a un acuerdo con el entonces comisionado residente Pedro Pierluisi, Pesquera y Pierluisi se presentaron como compañeros de papeleta para las primarias del PNP, confrontado la dupla del hijo del exgobernador Ricardo Rosselló (candidato a gobernador) y la expresidenta de la Cámara de Representantes Jenniffer González (candidata a comisionada residente).