[9]​ Lideró junto a Carlos Ortega el Paro Cívico Nacional que buscaba la renuncia del presidente Hugo Chávez, por lo que Fernández y Ortega fueron investigados por los presuntos delitos de traición a la patria, rebelión civil, instigación a delinquir y devastación.

[11]​ Según testigos los hombres que arrestaron a Fernández no tenían uniformes ni apariencia de ser funcionarios.

Dichos sujetos llegaron en vehículos sin identificación, sin placas, y sin orden judicial.

Carlos Fernández, pensó que se trataba de un secuestro y trató de defenderse por lo que tras un fuerte forcejeo Fernández fue golpeado provocándole heridas superficiales y hematomas en el tórax.

[15]​ Por su parte el presidente Hugo Chávez celebró la decisión judicial y dijo que tanto Fernández como otros líderes opositores debían estar presos desde hace tiempo.

[8]​ Fuera del Tribunal se concentraron Círculos bolivarianos,[9]​ liderados por un diputado oficialista, quien obstaculizaba la entrada de visitantes profiriendo insultos y ejerciendo presión sobre los jueces.

[1]​ Desde Florida Fernández afirmaba que no estaba descartada la posibilidad de solicitar asilo político al gobierno estadounidense, argumentando que su vida corría peligro en Venezuela.

[9]​ En abril la fiscal Luisa Ortega Díaz pidió el arresto preventivo de Carlos Fernández.

[19]​ En julio de 2004 Venezuela solicito su extradición junto a Pedro Carmona y Carlos Ortega Carvajal.