En ese cargo, Cerda se hizo conocido por sus actuaciones en la sala penal, en especial por sus investigaciones y fallos en casos de violaciones a los derechos humanos durante la dictadura militar comenzada en 1973.

En 1988, Cerda archivó temporalmente el expediente del caso, dejando pendiente su cumplimiento, lo que provocó su expulsión de la judicatura, a la cual apeló, siendo revocada.

[3]​ Paralelamente a su función judicial, Cerda fue nombrado profesor invitado en la Universidad de Harvard.

El abogado defensor, Pablo Rodríguez Grez, intentó sacar a Cerda del caso por una supuesta implicancia, por lo cual éste fue marginado temporalmente del caso.

[9]​ En 2014, Cerda fue nominado por la presidenta Michelle Bachelet para integrar la Corte Suprema.