Sus viajes resultaron en "Exploración geológica en la Patagonia" publicado en 1890 y "Anales de la Sociedad Científica Argentina" en 1903.

También recolectó información sobre las distintas lenguas de los indígenas pampeanos y patagónicos que luego utilizó el doctor Roberto Lehmann-Nitsche.

La fama obtenida por Florentino, el hermano mayor, muchas veces no reconoce los logros de Carlos.

Carlos se encargaba de recorrer el país buscando fósiles y armando informes para su hermano.

La abreviatura C.Ameghino se emplea para indicar a Carlos Ameghino como autoridad en la descripción y taxonomía en zoología.