Después de estudiar en un liceo de Milán, se trasladó a Roma para asistir al Seminario Pontificio "Ss. Ambrogio e Carlo" y a la Pontificia Universidad Gregoriana (donde obtuvo su licenciatura en teología en 1913).

Confalonieri estaba destinado a ser nombrado sustituto para Secretario de Estado en 1937, pero la posición vez quedó en Giovanni Battista Montini.

El cardenal más tarde ascendió a Pro-Prefecto (1966) y poco después, Prefecto (1967) de la Consistorial, que el Papa Pablo cambia su nombre por la Congregación para los Obispos.

[4]​ En el cónclave de 1963, Confalonieri fue visto como un posible candidato para un Papa de transición, uno que no le es posible llevar a cabo grandes cambios durante su mandato.

Su funeral se celebró en la Basílica de San Pedro, tres días después, el 4 de agosto, y fue presidida por el Papa Juan Pablo II.

Después sus restos fueron trasladados a su natal Séveso para sus otras exequias el 5 de agosto (presididas por Giovanni Colombo).

Confalonieri fue enterrado junto a sus padres en su parcela familiar en el cementerio de Seveso.