Como presidente de la República ha encargado formar gobierno a tres primeros ministros: Massimo D'Alema (1999), Giuliano Amato (2000-2001) y Silvio Berlusconi (2001-2006).
Además ha nombrado cinco senadores vitalicios: Rita Levi-Montalcini (2001), Emilio Colombo (2003), Mario Luzi (2004), Giorgio Napolitano y Sergio Pininfarina (2005).
En este tiempo se llevó a cabo la integración de Italia en la zona del euro.
Durante su mandato, Ciampi mantuvo, mediante viajes al exterior de Italia buenas relaciones con distintos países del globo, mientras que en el frente interno se transformaba en un punto de referencia tanto para líderes opositores como para líderes gubernamentales.
Al finalizar su mandato, en mayo de 2006, Ciampi renunció a una eventual reelección por siete años más, aduciendo su avanzada edad (86 años) y optando por la senaturía vitalicia dispuesta para los expresidentes.