Durante unos años, convivieron las dos capillas, la de Castilla y la de Borgoña, hasta que en 1546 fueron unidas.
Por ejemplo, el capellán mayor de la capilla real de Castilla convirtió en capellán mayor y limosnero mayor, nombramiento este último que correspondía a la casa de Borgoña.
Posteriormente, la capilla sería reformada en distintas ocasiones, siendo especialmente relevante la reformas realizadas por Felipe IV a lo largo de su reinado.
Durante el final del reinado de Felipe IV, la capilla real presentó aproximadamente la siguiente composición:.
En el siglo XIX contaba con cargos distintos como por ejemplo, el receptor, encargado del cuidado del relicario.