Esta capilla reemplazó la que se había edificado en El Hato, durante el siglo XVIII, dedicada a La Chinca la cual fue demolida en 1792.
Al volver como párroco, en 1866, José Joaquín Isaza Ruíz (más tarde obispo de Medellín), la encontró en tal mal estado que comenzó su recuperación y levantó la fachada que hoy se ve.
Por aquella misma época se estaba decorando el templo de Nuestra Señora del Carmen; el cura párroco Enrique Hernández acogió la propuesta y empezó a reunir allí los cuadros y objetos procedentes de los desaparecidos templos coloniales.
El mismo decreto implantó una Junta Administradora encargada de custodiar y del mantenimiento del lugar; entre los miembros de dicha junta, además del párroco se destacan los esposos José Ángel Uribe y Margarita Bernal, y Genoveva Arango, quienes cumplieron la labor encomendada durante casi veinte años.
En 1987 el obispo Uribe Jaramillo le proporcionó a la capilla-museo el carácter de Rectoría y como primer rector nombró al presbítero Mario Toro Rodríguez, quien ha hecho una gran labor, tanto en lo espiritual como en la valoración artística e histórica del templo.
El segundo cuerpo es una espadaña separado del primero por el entablamento, en su calle central cuenta con dos vanos que albergan las campanas, las calles laterales, a manera de cartones, muestran un perfil de “S” estilizada.
Es grande el contraste entre la sobriedad de la fachada y la riqueza que alberga en el interior.
Además el templo exhibe algunas piezas muy significativas de orfebrería, mobiliario y ornamentos.