En 2016 se produjo un importante revés cuando una explosión catastrófica durante una prueba de fuego estático daño gravemente las instalaciones.
Se compró a la NASA un tanque esférico de oxígeno líquido utilizado previamente en el LC-34.
[6] Para acomodar el cohete más pesado Falcon 9 v1.1, la plataforma de lanzamiento se modifico en 2013.
El SLC-40 volvió a estar en servicio en diciembre de 2017 con el lanzamiento exitoso del CRS-13.
SpaceX había alquilado el Complejo de lanzamiento 39A (LC-39A) en el cercano Centro Espacial Kennedy a la NASA en abril de 2014, lo que permitió que los lanzamientos continuaran desde Florida durante la reconstrucción del SLC-40.
Mientras tanto, LC-39A se usó menos, reservándose para vuelos de tripulación y carga de Dragon, misiones Falcon Heavy y otras misiones complejas.
SLC-40 se utilizó para lanzar su primera misión tripulada en septiembre de 2024, SpaceX Crew-9.