En Alicante recibió su bandera de combate, donada por suscripción popular.

A su vez, los deportados que se hallaban en Villa Cisneros fueron trasladados a Fuerteventura, condenados la insurrección anarquista del Alto Llobregat de enero de 1932.

El grupo era de 150 libertarios y mineros encabezado por Buenaventura Durruti, Ramón Vila o Francisco Ascaso.

Tras un periplo de dos semanas, llegaron extenuados a Sesimbra (Portugal), donde fueron acogidos.

[5]​ El Canalejas continúo en estos cometidos en la costa norteafricana regresando a Villa Cisneros en marzo de 1933.

Esta operación se consolidó los días siguientes, mediante el envío de suministros desde las Canarias junto con el Dato y el España n.º 5.

[2]​ Como todos los buques de su clase, el Canalejas quedó en poder del bando sublevado contra la República durante la Guerra Civil, siendo usados sobre todo en tareas de vigilancia y guardacostas.

El 3 de marzo prestaba escolta, junto con el Cánovas del Castillo y los destructores Velasco, Huesca y Teruel a dos buques mercantes italianos con destino Cádiz.

No siendo necesaria su labor por habérseles unido el crucero Baleares, el Canalejas se retiró a Ibiza, siendo el motivo por el que no se encontró en la batalla naval del Cabo de Palos, donde fue hundido el Baleares el 6 de marzo.

[2]​ Una vez concluido el conflicto bélico, regresó al astillero en Cádiz para someterse a reparaciones y mantenimiento, tras lo cual realizó servicios de vigilancia y guardacostas durante la Segunda Guerra Mundial.

En su última etapa de servicio activo estuvo destinado en la Guinea española.