El Torneo Primera B 1999-00 fue la LXVII edición del campeonato de Primera B del fútbol argentino en el orden de los clubes directamente afiliados a la AFA.

El campeón y único ascendido fue Estudiantes (BA) quien venció en la final del torneo a Sarmiento de Junín y retornó rápidamente a la Primera B Nacional.

El equipo ubicado en el primer lugar de la tabla de posiciones final logró la clasificación a las semifinales del reducido, el equipo ubicado en el segundo lugar clasificó directamente a los cuartos de final, mientras que los equipos ubicados entre el tercer y el decimosegundo lugar se clasificaron a los octavos de final del Torneo Reducido.

El ganador del reducido obtuvo el único ascenso directo que otorgó la categoría en esta temporada.

Se disputó a doble partido, haciendo como local en primer lugar el peor ubicado en la tabla de posiciones y en la vuelta el mejor ubicado, que además tenía ventaja deportiva.