Por primera vez, el Perú contaba con un ejército formado casi íntegramente por jefes y soldados peruanos.

[2]​ El Libertador esperaba que Gerónimo Valdés y Pedro Antonio Olañeta pudieran reunir un máximo de 3.000 monárquicos para enfrentarlos en el río Desaguadero.

[6]​ El venezolano organizó una división de 3.215 veteranos, incluidos los auxiliares chilenos traídos por Pinto, para reforzar a Santa Cruz.

Mientras que se desarrollaba esta campaña, importantes acontecimientos sucedían en el resto del Perú.

El presidente Riva Agüero trasladó la sede de su gobierno al Callao; ya por entonces dicho mandatario se hallaba en abierta disputa con el Congreso.

Riva Agüero no acató tal disposición y se embarcó a Trujillo con parte de las autoridades.

Mantuvo su investidura de Presidente, decretó la disolución del Congreso y creó un Senado integrado por diez diputados.

Aunque Santa Cruz infligió mayores bajas a sus contrarios y desmoralizó a su caballería militarmente se trató de una batalla indecisa donde ningún bando logró obtener una ventaja decisiva, aun así Santa Cruz fue nombrado Mariscal de Zepita por el gobierno peruano Santa Cruz continuó su marcha en busca de Gamarra, con el que por fin se reunió en Panduro; en total, el ejército patriota sumaba 7000 efectivos.

Mientras tanto, La Serna se unió con las fuerzas del general Pedro Antonio Olañeta y persiguió a Santa Cruz.

Para empeorar la situación la caballería peruana que tanto se había distinguido en Zepita fue capturada en alta mar por un buque realista, entre los prisioneros se encontraban el coronel José María de la Fuente y Mesía, noble criollo que se había unido a San Martín tan pronto como este desembarco en Paracas, el comandante de húsares Luis Soulanges, destacado oficial francés al servicio de la causa patriota, y muchos jóvenes oficiales peruanos de la aristocracia limeña, quienes perecieron trágicamente al naufragar el buque en el que eran remitidos prisioneros a las islas de Chiloé, entonces bajo control realista.