[2]​ Al parecer la zona era vivero de manantiales y su flujo llegaba a alimentar los caños de la fuente de San Pedro el Viejo (denominadas como «sci.petri» en el Fuero de 1202), el antiguo Matadero y las míticas huertas del Pozacho (debajo del Viaducto, construido cinco siglos después).

Otra versión aún más legendaria propone que el nombre de esta calle le vino de un tal Juan de Aguas, vecino del lugar en el siglo xviii.

Lo más probable es que la abundancia de manantiales, unida a la depresión del terreno formase en ella grandes charcos y barrizales que llevaron al nombre popular de calle de las aguas.

[5]​ En el corazón de esta calle, esquina al nº 9 de la carrera de San Francisco tuvo su taller y almacén de organillos el músico Antonio Apruzzese,[6]​ hijo del ‘lutier’ italiano Luis Apruzzese, supuesto introductor del organillo en Madrid.

En 2009 aún se conservaban ejemplares construidos por ambos artesanos en un almacén-museo de esta calle.