Su nombre proviene de la lengua maya y se compone de los vocablos "Cal" (garganta), "Kin" (sol) y el sufijo "I" que equivale en el español a la proposición de; es decir Calkiní significa Garganta del Sol.Estas instrucciones especificaban situarse en Champotón y entrar a la provincia de Ah Canul, debiendo llevar recaudo de la gente sin hacer daño ni maltratos, pues la experiencia adquirida en las incursiones anteriores, era que los nativos de esta zona cooperarían con los españoles.Algunos batabob que habían sido leales a los españoles en la segunda campaña, reiteraron su obediencia.Montejo remató a su rival con su espada, y al sojuzgar al descendiente de Tzab-Canul, ordenó reunirse con los principales del lugar y acordaron la fecha en que debería verificarse la entrega del cacicazgo, como paradoja, la capitulación se hizo a la sombra de la misma ceiba donde se fundó Calkiní.La villa quedó integrada al departamento de Campeche, uno de los cinco departamentos en que se dividía internamente Yucatán en ese tiempo, los otros cuatro eran Mérida, Izamal, Valladolid y Tekax.El territorio estatal quedó dividido en 8 municipios, 10 secciones municipales y 40 comisarías.
