La colaboración más antigua data del año 1579, y la colaboración más reciente a estos manuscritos es del año 1821, y esas colaboraciones bien podrían ser copias de documentos escritos aún más antiguos.
Se sabe que los escritos del códice de Calkiní están incompletos pues faltan las primeras diez páginas, desde que se descubrió su existencia en el año 1867.
Los escritos que pasaron de generación en generación a través de los caciques de la comunidad Ah Canul, fueron obsequiados a Faustino Francio amigo del historiador Juan Francisco Molina Solís autor del libro “Historia del Descubrimiento y Conquista de Yucatán” , más tarde el códice llegaría a las manos del obispo Crescencio Carrillo y Ancona, y sería agregado al Chilam Balam de Chumayel.
Tanto el Chilam Balam de Chumayel como el Códice de Calkiní fueron fotografiados por George Byron Gordon en 1910, sobre la base de las fotografías William Gates publicó por primera vez en Baltimore, Estados Unidos en edición facsímil el códice.
En Mérida, Yucatán, Teoberto Maler realizó reproducciones del códice y otros manuscritos mayas, antes de que los originales fueran vendidos.