El nombre de este municipio proviene de las palabras mayas: Cal (Garganta), Kin (Sol) y el sufijo "i" que equivale en el español a la proposición de; es decir Calkiní significa "Garganta del Sol".

Su gente, sus tradiciones y costumbres provienen en gran parte de la cultura maya que dominara esos territorios por miles de años y que hoy es orgullo para los campechanos.

Al término de la conquista de los mayas, Montejo “El mozo”, entregó Calkiní en encomienda al español don Gaspar Pacheco.

En 1848, durante la Guerra de Castas, Calkiní fue sede de la reunión entre los caciques del Camino Real la cual fue precedida por el Juan Chí, quien motivara a la población indígena a proteger y ayudar a la raza blanca en bien de la paz y del progreso.

Debido a esa situación muchas familias yucatecas decidieron establecerse en la región de Calkiní.