Su hermano Bernardino Cesari colaboró con él en muchas de sus obras.
Entre sus alumnos estuvieron sus hijos Muzio (1619-1676) y Bernardino (muerto en 1703) y, al parecer, Pier Francesco Mola (1612-66), Francesco Allegrini da Gubbio, Guido Ubaldo Abatini, Vincenzo Manenti y Bernardino Parasole.
Su más notable alumno fue Caravaggio, quien ingresó en el taller de Cesari hacia 1593-94 como pintor de flores y frutas.
Según Luigi Lanzi, quien consideraba el Manierismo posterior a Miguel Ángel como un estilo decadente, si Marino había sido el corruptor de la poesía, Cesari lo fue de la pintura.
Asimismo la historiografía tradicional considera que fue un hombre de carácter irascible, que pasó de la penuria a la opulencia.