[4]​ Su cuerpo fue descubierto tendido en el garaje por el sacerdote Mario Orantes, que compartía la parroquia con el obispo y quien sospechosamente demoró horas en dar aviso del asesinato a la fuerza pública, asegurando no haber oído nada fuera de lo común esa noche.

Las indagaciones médicas comprobaron, por una fractura en el dedo, que el obispo había intentado repeler el ataque.

Las piernas del occiso estaban cruzadas a la altura de los tobillos y las manos entrecruzadas sobre el pecho.

Cerca del cuerpo estaba el bloque de concreto triangular que factiblemente fue utilizado para cometer el crimen.

Curiosamente, los registros del vehículo en archivos estatales desaparecieron después de que fuera divulgada la relación con los militares.

El Gobierno, que había insistido con parcialidad cuestionable en que el asesinato se debía a un crimen común, no político (o si político, realizado para desprestigiar al gobierno) disolvió la comisión en julio de 1998.

Según Rubén Chanax, que luego saldría al exilio, la escena del crimen fue alterada por dos militares para confundir la acción de los investigadores.

Luego, un vehículo recogió a Obdulio Villanueva, quien llevaba una cámara de video.

[9]​ Lima Oliva entró a prisión tras ser capturado por el caso Gerardi el 21 de enero de 2000, junto a su padre, el coronel retirado Byron Lima Estrada, y el especialista Obdulio Villanueva.

[11]​ Zamora relató que Lima Oliva habría sido protegido y hasta patrocinado por organizaciones criminales formadas por militares durante la Guerra Civil de Guatemala conocidas como «La Cofradía» y «El Sindicato» por haber aceptado la culpa del asesinato del obispo Juan Gerardi.

[10]​ Lima Oliva alcanzó su máximo poder durante el gobierno del Partido Patriota; durante ese régimen su maquila carcelaria produjo propaganda electoral, su hermano Luis asesoró al diputado Estuardo Galdámez, e incluso nombró a funcionarios de su confianza en el DGSP.

[10]​ La CICIG, ahora al mando del comisionado Iván Velásquez, puso en evidencia la fortuna que había amasado Lima Oliva en la cárcel, y que incluía residencias, una colección de vehículos, negocios y caballos de pura sangre.