El toponímico Bokobá significa en idioma maya el lugar donde se boga el agua, ya que proviene de los vocablos bok'ob, batir, bogar y ja', que significa agua.
Se sabe, sin embargo, que durante la colonia estuvo bajo el régimen de las encomiendas, entre las cuales la de Esteban Pérez Montiel con 481 indios a su cargo en 1700.
En 1825 estuvo integrado al Partido de la costa teniendo como cabecera a Izamal.
En 1918 se erigió en cabecera del municipio homónimo.
También, en las cercanías está el casco de la exhacienda henequenera llamada Mucuyché.