Fue establecido como un estado teocrático en una yihad lanzada en 1827 por Karamokho Alfa, y consolidada por su predecesor Ibrahim Sori.

Durante el tardío siglo XIX los franceses eran la potencia colonial dominante en la región, y estaban enormemente impacientes con la hostilidad de Fouta Djallon.

Sin embargo, los británicos en Freetown, Sierra Leona, continuaron dando subsidios a Fouta Djallon hasta 1895.

Además, esclavos y personas ordinarias que estaban dejando el país por las menos opresivas zonas controladas por los franceses.

El 13 de diciembre de 1895 los jefes descontentos liderados por Modi Abdoullaye Dhokhiré atacaron y derrotaron a Bokar Biro en Bantignel, y escasamente se las arregló para escapar.

Cuando el documento del tratado fue examinado en Saint Louis, apareció que en lugar de sus firma, Bokar Biro había escrito "Bismillah", que significa "en el nombre de Dios".

Una vez más era claro que Bokar Biro no tenía intención de someterse a las demandas francesas, ellos decidieron recurrir a la fuerza armada su era necesario una vez la temporada lluviosa hubiera pasado.

Los franceses vieron que el tiempo había llegado para hacer su movimiento, dividiendo a Fouta Djallon en pequeños estados clientes, con su aliado Umar Bademba como Almami de lo que quedaba del estado con sede en Timbo.

Tropas fueron desplegadas desde Senegal, Guinea y el Sudán, convergiendo en Fouta Djallon.

En verdad, Bokar Biro se las arregló para escapar pero fue pronto capturado por algunos soldados de su enemigo, Sori Illili, y fue decapitado.

En junio de 1897 Ernest Noirot se convirtió en administrador y comenzó un programa para eliminar la eaclavitud.