Estaba destinado a demostrar que el B-29 todavía podía ser puesto en servicio incluso si la primera opción de motor, el radial Wright R-3350 refrigerado por aire, pasara por dificultades de desarrollo o producción.

[1]​ Fisher fue elegido para la modificación al estar familiarizado con el motor, ya que iba a propulsar al P-75 Eagle que estaba desarrollando.

Las pruebas de vuelo iniciales del B-39, sin los turbosobrealimentadores instalados, fueron impresionantes.

Sin embargo, el programa del B-39 estaba en ese momento seriamente retrasado, y los defectuosos B-29 con motores R-3350 ya habían sido lanzados al combate en junio de 1944.

A pesar de los continuos problemas con los B-29, los aviones estaban funcionando lo suficientemente bien en combate que ya no tenía sentido cambiar los recursos de la base de fabricación para un nuevo motor, así que el B-39 no fue puesto en producción.