En 1785, fue nombrado profesor en Duisburg, pero tenía que completar su pequeño salario dando clases particulares de matemáticas y de física, lo que le dejaba poco tiempo para la zoología.
Los problemas por los que atravesaba Europa a finales del siglo XVIII le impidieron llevar a buen puerto su proyecto de grandes monográficos sobre aves o reptiles.
A pesar de morir en la indiferencia y la miseria, su impacto sobre la ornitología fue considerable.
Publicó en 1790 Beiträge zur Geschichte der Amphibien donde describió numerosas especies de una forma muy precisa y con buenas ilustraciones.
Empleó el sistema de nomenclatura binominal del primero pero sin limitarse a un solo criterio anatómico y adoptando un enfoque más morfológico propio del segundo.
Merrem es honrado en los nombres científicos de dos serpientes sudamericanas: la subespecie Erythrolamprus miliaris merremi, y la especie Xenodon merremii.